Statens maritima museer leds av överintendent Leif Grundberg. Myndigheten har ca 210 tillsvidareanställda medarbetare. 

Ledningsgruppen består av överintendenten, stabschefen och de sju avdelnings-/museicheferna:

Leif Grundberg, överintendent
Jenny Lind, tf chef för staben
Sophie Nyman, avdelningschef Form & Innehåll
Linda Norberg, avdelningschef Kommunikation & Stöd
Ingrid Hall Roth, museichef Marinmuseum
Hans-Lennart Ohlsson , museichef Sjöhistoriska museet
Lisa Månsson, museichef Vasamuseet
Robert Sjöö, museichef Järnvägsmuseet
Richard Bauer, chef Projekt Östersjöns skatter

Staben

Tf stabschef: Jenny Lind

Staben är framförallt en stödfunktion till överintendenten. Staben har även en servicefunktion samt en strategisk funktion för myndighetens ansvar för att fortlöpande utveckla verksamheten.

Avdelningen Form & innehåll

Avdelningschef: Sophie Nyman

Avdelningen består av sex enheter: Utställning, Kulturarv, Samling Marinmuseum, Samling Sjöhistoriska, Samling Vasamuseet samt Samling transporthistoria.

Avdelningen ansvarar för att driva och utveckla utställningsarbete, forskningsfrågor samt för att vårda och bevara, förteckna, vetenskapligt bearbeta och genom nyförvärv berika de samlingar som har anförtrotts myndigheten. Avdelningen stödjer myndigheten med kompetens inom sitt ansvarsområde.

Avdelningen ansvarar vidare för att lämna information, råd och annan hjälp till regionala och lokala museer samt stödja ideellt maritimt och transporthistoriskt arbete.

Avdelningen Kommunikation & stöd

Avdelningschef: Linda Norberg

Avdelningen består av fyra enheter: Samordnat verksamhetsstöd, Fastighet & säkerhet, IT och Kommunikation

Avdelningen ansvarar för att driva och utveckla myndighetens externa och interna kommunikation samt för de administrativa funktionerna. Avdelningen stödjer myndigheten med kompetens inom sitt ansvarsområde.

Marinmuseum

Museichef: Ingrid Hall Roth

Marinmuseum är Sveriges nationella marinmuseum. Marinmuseums övergripande ansvarsområde är den svenska marinens historia och militärt maritimt kulturmiljöarbete.

Sjöhistoriska museet

Museichef: Hans-Lennart Ohlsson 

Sjöhistoriska museet berättar om människans mångtusenåriga historia till sjöss.
Sjöhistoriska museets övergripande ansvarsområde är civil sjöfart, fritidsbåtar och civilt maritimt kulturmiljöarbete. Sjöhistoriska museet ansvarar även för museets publika verksamhet på Galärvarvet.

Vasamuseet

Museichef: Lisa Månsson

Vasamuseet berättar om det unikt välbevarade skeppet Vasa från 1628.
Vasamuseets övergripande ansvarsområde är skeppet Vasa och dess historiska kontext.

Järnvägsmuseet

Museichef: Robert Sjöö

Järnvägsmuseet är Sveriges nationella järnvägsmuseum.
Järnvägsmuseets övergripande ansvarsområde är den svenska järnvägens historia och kulturmiljöarbete kopplat till tågtrafik.

Museet är stängt för renovering och öppnar igen 2020.

Projekt Östersjöns skatter

Chef: Richard Bauer

Avdelningen ansvarar för att utveckla en ny museiarena i Båthall 2 på Djurgården i Stockholm.